Nematoden zijn een belangrijk aspect van de bodem en het bodemleven. Nematoden zijn doorzichtige, draadachtige organismen/wormpjes van minder dan een millimeter. Sommige soorten voeden zich met bacteriën, algen, schimmels of met andere nematoden. Ze spelen een enorm belangrijke rol in het afbraakproces van plantenresten.
Aaltjes zij vaak in het nieuws, niet in de laatste plaats om de negatieve kant van nematoden. Er zijn aaltjes die gewasgroei en kwaliteit ernstig kunnen verstoren. Deze aaltjes noemen we plantparasitaire aaltjes. Een aantal aaltjes hebben zelfs een quarantaine status waardoor er export restricties zijn als deze nematoden worden gevonden in het product of perceel. Gelukkig zijn de meeste aaltjes vriendelijk van aard. Er leven 20 tot 60 soorten aaltjes in de bodem, hiervan zijn 10 tot 20% schadelijk. Het is normaal dat er 10 tot 20 miljoen aaltjes per m2 voorkomen. Door beperkte gewasrotaties, grondsoort en brede waardplant status kunnen schadelijke aaltjespopulaties groeien en (financiële)schade toebrengen.
Om schadelijke nematoden te beheersen zijn er verschillende mogelijkheden. De meest voor de hand liggende is het slim roteren van gewassen. Gewasrotatie is een natuurlijke manier om schade te voorkomen, omdat het ene gewas aaltjes vermeerderd en het andere juist niet.
Groenbemesters spelen een belangrijke rol in het beheersen van aaltjes. Een aantal groenbemesters zijn veredeld met een aaltjes resistentie, de meeste bekende is het bietencysteaaltjes resistentie waarbij er een aaltjes doding plaats kan vinden van meer dan 90%. Er zijn ook groenbemesters zoals bladrammenas met een wortelknobbelaaltjes resistentie (meloidogyne chitwoodi/fallax). Groenbemesters zijn een goede en natuurlijke manier om aaltjes te beheersen.
Er zijn een aantal biologische middelen om schade aan gewassen te voorkomen. De meest vergaande manier van aaltjes bestrijden is het inunderen (onderwater zetten) van percelen. Aaltjes worden hierbij actief gedood door een zuurstofarme omgeving. Deze manier zorgt voor een zeer sterke afname van aaltjes (helaas ook van de goede aaltjes).